在近未来世界，因为绝大部份区域都被会「捕食」一切事物的神秘生命体「荒神」啃噬，而让世界陷入崩溃危机。在这个时代里，由生化学企业芬里尔（フェンリル）所开发的生体兵器「神机」，以及能够使用神机的特殊部队－－通称「噬神者」，是唯一能够对抗荒神威胁的希望。
因为出现人类前所未知的灾难「灰域」，而让人类再次陷入前所未见的危机。飘浮在空气中的「灰域」，会在出现后马上开始扩大占有领域，啃食所有与其有接触的人工结构物，让它们化为灰烬。芬里尔各个支部对于「灰域」的侵略毫无抵抗的余地，使得芬里尔的统治体制马上就陷入崩溃状态。
勉强幸残下来的人类，在各地建设被称为「港口（ミナト）」的地下据点，并且制造出对「灰域」拥有更高抗性的「对抗适应型噬神者（Adaptive God Eater）」 ，通称为「AGE」的士兵，尽可能对抗这覆盖了地表的威胁。
