次世代登陆舰深红气息号上，搭载了许多最尖端的科学设备。为了解开极黑世界的谜团，就必须要好好利用这些设施。
作战指令室
以哥亚队长为首，将会有众多不同成员集合的指令室。经常会是作战管理程式亚瑟（アーサー）发下全新任务等等，故事有重要进展时的舞台。游戏存档、读档也是要在此进行。
研究室（ラボ）
资材班常驻的设施。搭载「物质合成装置」，只要使用极黑世界里存在的特殊物质「佛尔玛」，就可以开发、制作各式各样的装备或道具。只要传送并装备到恶魔套装上，就能够在冒险时发挥功能的「应用程式」，也是要在研究室里开发。在本作当中除了有追加全新应用程式外，在装备应用程式时还没有数量限制哦。
另外不需要的装备也可以在这里「回收（リサイクル）」，可以分解成魔货（マッカ）（游戏内货币）以及素材。
医疗室
医疗班常驻的设施。搭载可以治疗队员伤病和恢复疲劳的设备。靠着医疗班成员佐依的变通方法，让这些设备也能使用在仲魔身上，所以只要前来医疗室，主角和仲魔就能接受免费的全恢复治疗。
出入甲板（降车デッキ）
调查队成员在前往极黑世界各地时使用的出入口。和常驻于此的动力班成员汀特交谈，就可以承接各式各样的EX 任务。全新迷宫叹息之胎也是要由此进入。
