异度之刃世界诞生
建立在汪洋大海之上的世界，机神巨神诞生。机身巨神上出现了各种生物。6000-8000年以前，机神巨神战争开始。机神手腕被巨神用莫纳特切下，机神将机神剑插在了巨神的臂部，双神休眠。
14年前，殖民地-9在雪山进行遗迹考察时发现了巨神之剑莫纳特，但包括修尔克父母在内的考察队全灭，但留下修尔克。
机神巨神战争再次开始
大剑溪谷之战。丹巴操纵莫纳特同迪克逊(已打入殖民地-9做卧底)穆穆卡一同参与溪谷战，但在紧要关头穆穆卡直接逃跑，留下二人同大量机身兵作战。虽然战斗胜利，但因驾驭不了神剑导致右臂残疾卧床不起。机神界首领埃吉尔，开始酝酿对巨神界的复仇。殖民地-6遭到机神界攻击沦陷。
异度之刃开始。殖民地-9遇袭，丹巴再次拿起莫纳特，但终依然无法驾驭倒下。修尔克接下莫纳特开始使用，并激活了莫纳特：未来视。修尔克发现莫纳特无法对一个机神机体：黑面造成任何伤害。菲奥伦为了击败黑面驾驶自走炮，但被黑面反杀带走。
为了复仇，修尔克莱茵启程。
修尔克和莱茵来到巨神脚，遇到寻找弟弟的卡尔纳，在殖民地-6救下弟弟之后，卡尔纳决定和修尔克一起同行。同时丹巴在身体好转后同迪克逊一起赶到，于是一同上路。在同机身兵作战时，修尔克通过未来视得知，赶到巨神之角同巨人对话后莫纳特便可以击败黑面，于是一同人来到玛特纳原始森林。
进入森林看到受伤的梅里亚，高阶种族公主。梅里亚带领部下前来讨伐特雷西亚，但小队全灭，因为如果想去巨神之角，必须获得高阶种族的协助和同意，因此一行人决定帮梅里亚疗伤并协助她的复仇计划。
在给梅里亚找纯净以太水晶时，修尔克一人遇到了两只小型特雷西亚，纵使有未来视，修尔克依然无法碰到特雷西亚一枚鳞片。关键时刻阿尔维斯出现开放了莫纳特的新功能，教导修尔克如何破除特雷西亚的读心术。
梅里亚决定向原住民诺朋人求助，诺朋村长决定将族内勇者里奇帮助修尔克，一同对抗大鸟特雷西亚。击败特雷西亚后，梅里亚决定帮助(shang)修尔克，带领一行人来到高阶种族都城阿卡模特。
在都城，修尔克再次遇到了阿尔维斯，得知他是高阶种族的先知，并掌握着未来视的力量。经高阶种族同意后，一行人前往巨神之角的所在地：监狱岛。
在监狱岛上层，修尔克遇到了扎赞，在其帮助下解锁了莫纳特伤害人类的能力，因为面系列机体内部流淌着人类的血液，所以莫纳特才会无法切入。此时黑面再次出现，并被修尔克击败，在修尔克打算打碎黑面时，另一个面系列机体复仇女神出现，挡住了致命一击，露出了驾驶舱，在里面的正是大家旅行的理由：菲奥伦，但其身体已经被机械化。经过分析，大家一致认为菲奥伦被机神界洗脑，于是决定前往机神界，带回菲奥伦。
在前往大剑溪谷的雪山中，复仇女神找到了修尔克，并希望告诉修尔克一切，但黑面突然重伤了机体，此时黑面表明身份，自己就是因嫉妒丹巴持有莫纳特的穆穆卡。激烈战斗后金面机体-机神界领袖埃吉尔出现打断了战斗，并带走了穆穆卡和菲奥伦。与此同时，高阶种族的皇后和阿尔维斯研发出了可以直接攻击机神兵的武器，但在他们的谈话中，感觉事情并不单纯……
在通往机神界大剑溪谷上，穆穆卡再次出现被众人击败，丹巴准备斩杀穆穆卡时被修尔克阻止并说服，正当众人打算离去时，穆穆卡在最后挣扎中发起攻击引发大爆炸崩塌，独自掉进无尽大海之中。
在机神的手臂上，众人再次遇到埃吉尔，他发动了一种能量场，导致莫纳特无效化，并且操纵复仇女神，向修尔克发起进攻。一场苦战之后，设施崩塌，修尔克为了解救复仇女神直接跳下，而其他众人也掉落在机神被砍下的手腕上。
修尔克从海中将菲奥伦救出，二人叙旧，同时菲奥伦告诉修尔克，自己并非被洗脑，而是和另一个强大友善的存在共享了身体，她就是机神中枢：美纳斯。众人集合后前往附近的村落，惊讶的发现了生活在机神上的机械生物，机神人。同时因为菲奥伦身负重伤，只好让机神医生琳达和迪克逊一同为其疗伤。
在村内，村长魔科尔想众人说明了一切。机神兵是机神人制造的武器，机神人早在远古之战中所剩无几，生活在腕上的人民因为被砍下，所幸存活，而幸存者无意与巨神界对抗。但埃吉尔已然被仇恨的怒火吞噬，失去了理智。在最后，魔科尔委托修尔克杀掉埃吉尔。
至此，游戏剧情由复仇记变成了王道路线。
待菲奥伦康复后，众人再次前往机神界。在机神界腿部，众人遇到了另一个面系机甲：绿面，战斗中卡尔娜发现驾驶员正是自己的在殖民地-6战斗中失散未婚夫，绿面落败后逃走，落下无所适从的卡尔娜和一脸心酸的莱茵。
之后梵伊找到众人，表明自己是埃吉尔的妹妹，希望和一行人一起去见埃吉尔并说服他放弃攻击机神界，修尔克答应了下来，她则带领众人前往机神界中枢。在机身兵生产中心，她向众人展示了机神界所记载的历史。
远古时代，机神与巨神界一同在和平中生活，打破这片宁静的是巨神和他的佩剑：莫纳特。美纳斯无奈之下带领机身兵奋起反击，而巨神界则动用特雷西亚大军绕过前线直接攻击后方的机神人，美纳斯只得在前线作战的同时，控制机神摆脱特雷西亚。战况直到巨神喝机神筋疲力尽才得以终止。
与此同时，为了反击机神界的攻击，巨神界大军也来到了大剑溪谷，准备进攻。在寻找埃吉尔的路上，绿面再次出现阻挠众人，但在美纳斯的帮助下，绿面驾驶员加多特成功脱离埃吉尔的控制，找回了自我。但因为战局所迫，众人只能让加多特原地休息，而抓紧时间阻止埃吉尔。
在找到埃吉尔后，梵伊和众人和埃吉尔表明谈判立场，埃吉尔虽然承认巨神界上的生物都是无辜的，但他无法容忍巨神苏醒的可能性，巨神一旦苏醒，将会直接吸收巨神界生物的能量为己用，到时机神界会面临更大的灾难。因此，在此之前，埃吉尔计划灭掉足够的生物，以阻止巨神吸收能量。谈判崩裂，拔刀相见。虽然暂时击退了埃吉尔，但他直接回到控制机神的中枢，开始对巨神猛攻。
因为机神苏醒行动，众人必须马上逃离，为了给美纳斯传送争取时间，加多特牺牲了自己。传送后的众人被魔科尔、迪克逊和阿尔维斯找到，而大剑溪谷的大军也因为阿尔维斯的未来视预告而避免全灭，退到了雪山驻扎。和平之路阻塞的情况下，众人直接突入了机神中枢。在此时，修尔克也终于收到了莫纳特的反噬，身体开始出现损伤。
最终，众人到达机神中枢的控制室，但埃吉尔已经使用机神开始对雪山的部队造成重创。当然战斗依然胜利了，埃吉尔被击败。这时修尔克被莫纳特控制，要对埃吉尔下刀，菲奥伦和梵伊拦下无果，最终阿尔维斯直接在精神上干涉了修尔克，说服了修尔克的潜意识。
复仇无果的埃吉尔终于说出了复仇的原委。众人在监狱岛看到的巨人，并非扎赞，而是他的老朋友阿格拉斯，也是因为如此，机神界和巨神界一直处于和平状态。但有一天扎赞强制占据了阿格拉斯的身体，杀死了阿格拉斯的意识。扎赞便是巨神界核心，同时也是莫纳特，他可以占据任何持有莫纳特人的身体。这也便成了机身巨神战争的导火索。同时埃吉尔也指出，虽然修尔克使用莫纳特相当久，但并没有被附身，也许修尔克可以结束巨神的诅咒。
正当谈判成功结束之时，一颗子弹直接射穿了修尔克的身体。
迪克逊，这个把修尔克救出养大的人，竟然是扎赞的使者。其目的也是为扎赞培养新的宿体，而现在时机成熟了。从修尔克身体里出现了一个和修尔克一模一样的人——扎赞真身。扎赞拿走了莫纳特，见状的埃吉尔和美纳斯立即和扎赞开始交战，战斗中美纳斯解放了她自己的神剑：机神莫纳特，而埃吉尔则被扎赞打成重伤。战斗中巨神拿起莫纳特将机神的头颅砍下。最终美纳斯为了保护众人，被扎赞击中。扎赞在胜利后回到监狱岛：巨神的控制中心开始他的第二次宇宙重组计划，而这一次，美纳斯也丝毫无法阻碍他了。
为了重新组建特雷西亚大军，扎赞开始利用他的造物：高阶种族，唤醒他们血液中的力量，以转化为特雷西亚，凡是没有人类血液的高阶种族无一幸免。而特雷西亚大军也开始对机神巨神的所有生物开始无差别攻击。
众人将修尔克放入生命仓，逃到了殖民地-6休养生息。在同扎赞交战，同时使用自己能量维持修尔克声明后，美纳斯终于再无声息，而菲奥伦也感觉到自己时日无多。在众人抵御特雷西亚的同时，阿尔维斯同濒死修尔克的意识展开了长谈，在得到了修尔克的答案和决意后，离开，同时修尔克也苏醒了。等待多时的魔科尔将机神界研制的莫纳特复制品赠与了修尔克。
在击退了特雷西亚大军后，阿尔维斯也亮出了自己的身份：扎赞使者之三(之二人物介绍中再表)，并同迪克逊一起，向监狱岛撤退。在找扎赞算账之前，众人决定先击破巨神的心脏停止巨神的破坏。在巨神心脏处，众人击败了等待他们多时的迪克逊放出的高阶特雷西亚。在监狱岛，众人再次遇到了迪克逊，一场战斗后由修尔克亲手手刃之。
一路向上终于遇到了扎赞！
在战斗中，修尔克觉醒了第三把神剑：修尔克专用莫纳特。此时，阿尔维斯现身，表示自己才是真正的莫纳特，世界的真神，并赋予了修尔克神的力量，以击败同为神格的扎赞。击败扎赞后，一切真像浮现了。
在这个宇宙诞生之前，还有一个宇宙。那个宇宙中的地球卫星上，两名科学卡拉斯和美纳斯进行科学实验，卡拉斯一心想重塑宇宙，而美纳斯完全不同意，因为根据计算结果实验会毁灭宇宙。然而卡拉斯最终还是启动了实验，第一宇宙最终毁灭。存活下来的只有卡拉斯、美纳斯和卫星搭载为了重塑宇宙所设计的AI：阿尔维斯，代号：莫纳特。卡拉斯之后自称扎赞。
而现在机神巨神核心双神已死，这个世界也将迈向死亡。而拥有神格的修尔克可以修复着一切。修尔克发动了莫纳特，重塑了世界，机神和巨神的人民又开始了和平的生活。而菲奥伦也转化回了人类的肉身和修尔克幸福的生活。
