《尼尔 机械纪元》中共计26个结局，5个真结局，21个作死结局。
真结局：
A：A线通关
B：B线通关
C：C线A2通关
D：C线9S通关
E：C线双结局后触发
这是5个有完整ED的真结局。
全部完成需要三周目，C线任意一个角色跳关后可以解锁选关功能，然后直接打分歧点，不需要四周目。
作死结局：
F：b线9S被序章大机器人打后，超过时间没有修复成功
G：b线一开始：9S不上飞行装甲乱走去其他地方
H：AB线都可以：機械生命体との交易后会接到一个打三个序章boss的任务，不打去游乐园
I：A线打完亚当后不管9S转身走人
J：A线去和教团谈和的时候直接砍死祭司
K：A线吃鱼
L：A线机械生命体异变后：不打营地内的敌人直接走人
M：C线：パスカルの救助要請后无视不管
N：A线屠村
O：C线部队全降后：脱离作战地
P：C线2B遇到2A前：污染100%
Q：C线9S不找2B直接走人
R：C线A工場廃墟当着パスカル的面杀掉所有孩子
S：C线9S双子救援时不开门直接逃走
T：把自己系统芯片拆了
U：在基地自爆
V：C线9S双子救援时到双子死亡都没有成功开门
W：序章弹幕游戏时死亡
X：C线第一次操作A2时：直接走人
Y：(未知后补
Z：C线A2第一次遇到パスカル时杀了他
