和系列前作一样，在《再见！箱子男孩》中玩家依然操作一个正方形的箱子男孩在平面地图中蹦蹦跳跳地解谜。箱子男孩可以再生长出箱子，对应地形长出不同的形状来解谜。 本作给箱子男孩准备了两个新能力，他生出的箱子可以变成火箭喷射器、可以变成炸弹。箱子男孩自己还有不同的服装，比如UFO、魔女、卡比等等，不同的服装带有不同能力。在解谜过程中，箱子男孩也不是孤单一个人，他会遇到一些小箱子，既能帮他解谜，也需要他保护。这一切都让本作的解谜变得更加丰富。