《宝可梦咖啡馆》中，玩家作为咖啡馆的经理，将通过类似于三场比赛的机制完成谜题，为玩家提供饮料和盘子。点击一个口袋妖怪的脸，然后把它拖到同一种类口袋妖怪的图标上，拼图上的图标就会被清除。游戏有趣并具有挑战性。玩家需要解开关卡提升宝可梦的亲密度，并让宝可梦加入成为店员。变成店员之后的宝可梦能够在你解谜的时候提供强大的必杀技。随着游戏进度推进，你还能扩建咖啡厅，能够制作更多种料理吸引其他种类的宝可梦。