《无菌饲育箱》发生在文明毁灭数百年后，一台已经产生了自我的家庭用辅助机器人发现了一名被有害菌类寄生了的少女。年幼的少女受有害菌类的影响，身体上已经长出了蘑菇，十分虚弱。由于人类无法在这个被污染的环境中生存，机器人为了保护少女，制作了隔离环境“Terrarium”。游戏中，将由隔离环境“Terrarium”和外面的废墟世界两个区域构成。废墟世界有着在人类灭亡后依然继续进化的机械，被污染而变异的异常生物等。玩家需要控制机器人在废墟世界展开冒险，与敌人战斗的同时，收集食物与道具，帮助少女生存下去。