《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3 完全爆发》亦是继承了系列的向来作风，游戏剧情紧接着《究极风暴2》，从佩恩毁灭木叶之后开始，包括佐助硬闯五影会谈、鸣人征服九尾、第四次忍界大战等章节，与以往不同的是，本次游戏的剧情部分并未像先前系列作品一样与动画进度持平，而是直接超越了拖沓的动画，到了宇智波斑被秽土转生到战场上以及面具男的面具被打碎的剧情处。然而需要注意的是，游戏中从宇智波斑被通灵出来开始到最后的这段剧情，其发展与漫画中的并不相同，这也是该系列作品中首次出现的情况。