《霸权：钢铁军团》的故事设定在公元2104年，地球逐渐容纳不下饱和的人口，需要逐渐向外层空间寻找新的殖民地，日益茁壮的火星殖民地却意欲寻求独立，两个星球上人类之间的冲突逐步扩大。玩家在其中扮演军团中一名指挥官，在接踵而来的战役中立下战功，并在两星球的征战中寻求冲突解决之道。不过故事并未就此结束，来自外星的未知种族以超高科技入侵太阳系。在此同时，一支只在谣言中出现，在几世纪之前因不知名原因消失的种族，却忽然以神秘姿态出现。
　　本作中描述的太阳系内的战争，各个种族间的冲突，人类所面临的恐慌等，全倚靠在玩家所指挥的帝国舰队手中。游戏通过非线性的剧情铺陈，不管是积极出击战斗，还是领导侦察任务发掘冲突之间的关连，或是率军抵御来犯的异形舰队，都只有经过缜密思考的战略，才能取得战斗的胜利，并解开冲突背后的阴谋与秘密。