《乐高印第安那琼斯：最初冒险》的故事剧情将会根据前三部印地安纳琼斯系列电影中的主要冒险情节改编而成，并且以电影中的主要场面作为背景，让玩家亲自体验之外还能回味这些经典的冒险之旅。游戏中共有三张冒险地图，也就是代表前三部系列电影中的故事发生处，分别为“遗失方舟的劫掠者”、“末日圣殿”、及“最后的十字军”，而每张地图都包含了六个章节，只有完成前一张地图的冒险，才能够解开下一张地图，所以玩家将会完整体验电影中的冒险剧情。途中也会有许多收藏品及工具需要玩家细心收集，游戏进行时间比电影更长。