《神秘岛》系列第一次引入了3D实时技术，创造出一个可完全交互的动态场景，昼夜会交替，天气会变化。《神秘岛》与《真神秘岛》之间的差别就像通过明信片观看某地的风景和亲临其境时的差别，在《神秘岛》中，你只能观看固定的静态场景，而在《真实神秘岛》中，你可以四处走动，可以在任何时间进入任何地点。此外游戏还增加了被称为“Rime Age”的第五个年代，以及全新的结局。