962年冷战时期，“调查局”将第一次接触神秘的外星敌人，可以说是“幽浮”的前传，原先调查局是为了帮助美国抵抗苏联隐秘攻击的，所以“调查局”随后成为了专门与神秘力量战斗的组织，玩家将扮演特工威廉姆卡特，指挥小队为了人类的生存战斗，不过最高政府却以威胁来自“调查局”，以此平息民众的恐慌。
本作虽然采用了战术系统，不过将与TPS的射击部分无缝链接，另外还引入了“永久影响”的选择系统，一旦做出选择，无法后退，每一个指挥，都意味着卡特，他的小队，人类的生与死，因此游戏时长将成为玩家的个人抉择。