继前作设定，《虐杀原形2》依然设定在纽约市，由于之前爆发的灾难，这次的纽约市被称为零度纽约，根据感染程度不同被划分成三个区域。曼哈顿是红色区域，已经被生化怪物占据。曼哈顿附近的岛屿为黄色区域。绿色区域是最安全的，这里的Blackwatch私人武装带来的是一种别样的恐怖气氛。
　　《虐杀原形2》主角已不再是1代的Alex，而是新角色James Hellen，James Heller是一名普通的特种士兵，他原本拥有一个幸福的家庭，然而这一切都在纽约市的病毒传播事件中被毁灭殆尽。几乎失去了一切的James。在一次小队行动中遇到了前代主角Alex mercer，小队的成员几乎全灭，Alex在唯一幸存的James身上注入了自己不一样的病毒——红光病毒，使得James具有了与Alex不相上下的超能力。他要搞清楚敌人背后的计划，而且要杀死他的创造者(Alex)。