与《合金装备Acid》系列卡片战略游戏类型不同，《合金装备：掌上行动》是属于真正意义的战略谍报动作游戏。在游戏中，玩家将了解到发生在初代《合金装备》之前的故事，众多系列中熟悉的角色也将在游戏中登场。同时，本作的剧情采用与《合金装备BD》相同的数字漫画小说的方式来描述，语音由系列原班人马倾情全程奉献，将具备系列最强的表现力。