《皇帝圣印战记》改编自作者水野良所撰写的同名幻想小说。被混沌支配一切的大陆．阿托拉丹。对失去理念的君主们十分不齿的孤傲魔法师．希露卡、为了从暴政中解放故乡踏上修练之旅的流浪骑士．提欧，两人的相遇揭开了故事的序幕，他们将为充满战乱的大陆带来变革。本作会根据玩家的选择出现原作中未曾发生过的事件。例如原作中原本归顺的君主没有归顺，或是原本被讨伐的君主存活了下来。这些小小的变化，将为后续历史带来莫大变动，降临到玩家身上。另外也有支线事件，能欣赏到原作中提欧等人未曾被描写过的一面。