不论是谁，都曾向往拥有自己的秘密基地── 例如摆满喜爱的收藏品，令人悠闲又安心的空间，或是宽阔到可能在裡头迷路的巨大堡垒。 玩家将可以在《忍者宝盒》创造出世界唯一，专属于自己的秘密基地!
主角「浩人」是一个成绩普通，运动神经也一般的小学5年级平凡男孩，小小的野心便是做出专属自己的秘密基地。某天偶然遇上来自「造不停村」，想靠拍影片出名的了不起忍者「铁鎚」后，开始实现他的野心!