《莱莎的炼金工房2 ~失落传说与秘密妖精~》为《莱莎的炼金工房 ~常暗女王与秘密藏身处~》续作，继续由莱莎担任主角。本作剧情发生在前作故事的 3 年后，成长之后的莱莎与朋友们重逢，又有了全新的邂逅。某日，住在王都阿斯拉‧阿姆‧伯特的朋友向莱莎捎来一封“可能发现了与炼金术相关的遗迹”的信，同时也接到调查神秘发光石的委托。此时的莱莎也正在苦恼炼金术的修行遇到瓶颈，为赴约及调查神秘发光石，即动身前往王都。在王都等待莱莎的是，曾经一同冒险的好友们和新伙伴、与不可思议的小动物相遇，以及许多如神话般的传说和谜团的遗迹……