《杀出重围：隐形战争》发生在2072年，玩家将扮演Alex D，一位机智聪慧的年轻人。游戏开始时玩家和自己的朋友们在Tarsus学院的芝加哥分部中接受训练，不过在入校后不久学校就遭到了神秘的恐怖分子的攻击，您和自己的同伴不得不转移到学院的西雅图分部继续自己的训练课程。但是平静的生活没有持续太久，玩家将很快发现自己已经被卷入了一场错综复杂的派系争斗之中，究竟何去何从将取决于您自己的抉择。