《最高指挥官》背景设定在西元 37 世纪，3 个敌对的人类阵营：赛伯安民族、万世皇族和联合地球联盟，为了彼此不可动摇的信仰而展开了大规模的血腥战争，每一个阵营都企图将对方扫出宇宙，成为控制全宇宙的终极霸主。这场无尽的战争使得和平的宇宙造成恐怖的分裂与冲突，现在，经过了许多世纪的奋斗，这场终极战争终于达到了转捩点，玩家将从众多精英中被挑选出，成为这场战役的“最高指挥官”，运用庞大的权力与手段，为这场战争划下完美的休止符。