《红色警戒3》故事描述强大的苏俄军队节节败退，盟军准备一举攻入克里姆林宫，库可夫将军以及查丹科上校决心孤注一掷，使用了未经测试的秘密武器：俄军时空机器；结果，他们改写了历史，在总理查丹科的领导下，让盟军濒临战败边缘，但他们却意外发现，昇阳帝国悄悄地坐大，神圣的天皇芳朗选择在此时刻发动攻击。当天皇的帝国军队带来了巨大威胁，准备将俄军和盟军从地球上消灭殆尽……从这一刻起，世界的发展全然掌握在玩家的手里，当盟军、俄军与昇阳帝国三大阵营在玩家眼前，玩家该如何抉择？无论选择投身任一阵营，都将写下历史新页。