《孤岛惊魂3》继承着《孤岛惊魂》系列的“纯种血统”，融合了系列前作的所有优点，并有着新鲜的创作路线，无论是《孤岛惊魂》系列的老玩家还是新近加入的新手，都可以享受到它宏大的故事。游戏中，玩家将会扮演Jason Brody。在这个没有法律、暴力才是真王道的原始天堂中，玩家将决定整个故事的发展。玩家所作出的选择，包括与谁战斗、与谁结盟都会影响到剧情。