XCOM部队与外星人的战斗正在逐步地升级，随着敌人投入越来越多的强大外星科技单位，XCOM一方的科技力量已经逐渐变得捉衿见肘，为了能够继续战斗下去，许多XCOM的战士们作出了牺牲，把自己的身体与从外星人物品中研究出的前沿技术融合，变成了拥有钢铁之躯或是强大肉体的超级战士，投身到最前线当中。这就是《幽浮：内部敌人》的故事背景，这款资料片作品本身就包含了前作《幽浮 未知敌人》的内容，同时还新增加了47张新地图，旧有的地图也经过重新的制作，玩家可以使用新的战斗单位机甲战士，也可以让一般士兵接受生化改造增强战斗力。